Dado que el microbioma se encuentra en continua interacción con su entorno, el cuidado correcto del medio ambiente apoya cualquier proceso curativo.

En hospitales y hogares de ancianos, el olor y el clima interior mejoran así significantemente.

En casos de alteraciones masivas del microbioma, como la colonización por bacterias resistentes, diarreas y vómitos agudos, sepsis o enfermedades infecciosas, es preciso tratar el entorno para conseguir una recuperación a largo plazo.